Aunque todos los microorganismos coexisten en un mismo espacio con fines didácticos o académicos solemos dividirla funcionalmente para su mejor interpretación, básicamente o en forma clásica la dividimos del siguiente modo, aunque existen más divisiones y una infinidad de microorganismos más, detallamos un esquema básico para el entendimiento de la importancia de os análisis de la microbiota por secuenciación masiva, con el fin de encontrar el verdadero origen de las dolencias y su solución a través de técnicas de modulación terapéutica  de la microbiota

MICROBIOTA INMUNOMODULADORA

Realiza una señalización y entrenamiento continuo del sistema inmune, normalizando su respuesta de tolerancia inmune y modulando la inflamación.

La alteración de las bacterias inmunomoduladoras puede afectar a los fenómenos de tolerancia antigénica, lo que compromete la normal discriminación entre los elementos inofensivos (ej. nutrientes) y los elementos potencialmente tóxicos, frente a los que habría que poner en marcha una respuesta inmunitaria de defensa. El déficit de estas bacterias puede ser factor determinante en la aparición de algunos cuadros alérgicos. Además, puede contribuir a la desestabilización del equilibrio global de la microbiota, favoreciendo la disbiosis y la inflamación

Ejemplos de microorganismo

  • Escherichia coli
  • Enterococcus spp.

MICROBIOTA PROTECTORA

Estabiliza el medio intestinal y protege frente al crecimiento y colonización de microorganismos patógenos

Un resultado alterado de las bacterias protectoras desestabiliza el medio intestinal, disminuye la función de barrera frente a la colonización por patógenos, favorece la disbiosis, dificulta el transporte y absorción de nutrientes, altera la nutrición del epitelio y favorece la inflamación local, lo que puede alterar la correcta permeabilidad intestinal. Todo esto puede ser causa de cuadros de diarrea y/o estreñimiento.

Ejemplos de microorganismo

  • Bacteroides spp.
  • Bifidobaterium spp.
  • Lactobacillus spp.
  • H2O2 Lactobacillus

MICROBIOTA MUCONUTRITIVA

Mantiene el trofismo de la capa de mucus que tapiza el epitelio intestinal. El mucus, además de lubricar y favorecer el tránsito intestinal, protege la mucosa y alberga gran parte de la microbiota. Tiene gran relevancia metabólica.

La alteración de las bacterias muconutritivas implica una alteración, adelgazamiento o pérdida parcial de la capa de mucus que tapiza el epitelio intestinal, lo que altera su protección y favorece la aparición de cuadros crónicos de inflamación y alteración de permeabilidad. La capa de mucus es también el alojamiento natural de gran parte de la microbiota, por lo que su alteración favorece también la disbiosis. Faecalibacterium prausnitzii se localiza principalmente a nivel de íleon distal y colon ascendente. Su acción metabólica principal es la fermentación y sacarolisis de la fibra alimentaria (sobre todo del almidón resistente) para producir ácidos grasos de cadena corta, principalmente butirato. Su déficit altera la nutrición del epitelio intestinal y favorece la inflamación local. Faecalibacterium prausnitzii suele estar disminuida en cuadros de diarrea crónica, IBS (colon irritable) y Enfermedad Inflamatoria Crónica (Enfermedad de Crohn y Colitis Ulcerosa)

Ejemplos de microorganismo

  • Faecalibacterium prausnitzii
  • Akkermansia muciniphila
  • Genero roseburia

MICROBIOTA SACAROLÍTICA PRIMARIA

Apoya a la microbiota muconutritiva en la digestión de las cadenas largas y complejas de los hidratos de carbono y colabora con otras especies bacterianas para degradar la fibra.

Un déficit de la microbiota sacarolítica primaria, compromete la digestión de los hidratos de carbono de cadenas larga y compleja. Esto dificulta funcionalmente a la actividad de la microbiota muconutritiva disminuyendo la síntesis de ácidos grasos de cadena corta

Rumincoccus bromii reducido. Su déficit afecta a la digestión del almidón resistente.

Ejemplos de microorganismo

  • Bifidobacterium adolescentis
  • Ruminococcus bromi

MICROBIOTA NEUROACTIVA

Producen ácido gamma-aminobutírico (GABA), que activa los receptores específicos de neurotransmisores del intestino, modulando el eje intestino-cerebro, el sistema inmunitario, el tránsito intestinal y el dolor visceral.

MICROBIOTA PROTEOLITICA

El recuento de bacterias proteolíticas es normal, lo que contribuye a la normal digestión y metabolismo de las proteínas, proceso en el que se generan productos finales de degradación como los aminoácidos, de gran relevancia biológica

Ejemplos de microorganismo

  • E. coli Biovare
  • Proteus spp.
  • Pseudomonas spp
  • Clostridium spp.

HONGOS Y LEVADURAS

El género Candida está formado por más de 200 especies. Candida albicans es la especie que tiene la mayor relevancia médica por ser un microorganismo patógeno facultativo.

Entre otras circunstancias, la causa del sobrecrecimiento se asocia a cuadros de disbiosis, toma de antibióticos, cambios en el pH o dietas ricas en carbohidratos. Un resultado por encima de los rangos de normalidad contribuye a la aparición de síntomas digestivos y cuadros alérgicos, metabólicos o inmunitarios. Los cuadros crónicos suelen cursar con inflamación y alteración de la permeabilidad intestinal. El intestino a veces se comporta como reservorio de algunas especies del género Candida, que pueden ser las responsables de cuadros de candidiasis críticas de repetición, vulvovaginales o de cualquier otra localización.

Ejemplos de microorganismo

  • Levaduras
  • Aspergillus niger

NÚMERO TOTAL DE MICROORGANISMOS

Es importante valorar el número total de colonias bacterianas ya que relativiza o magnifica los valores de cada uno de los grupos bacterianos cuantificados pudiendo mostrar notable alteración del medio gastrointestinal, de posibles déficits funcionales y metabólicos de la microbiota, pudiendo también disminuir la resistencia a la colonización por patógenos facultativos bacterianos o fúngicos, favoreciéndose la disbiosis

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